多数肾囊肿不会引起疼痛而极少数情况可能引起疼痛，由于肾脏本身对于形态缓慢的改变并不敏感，而肾囊肿便是缓慢增长的疾病，故而多数情况下不会感觉疼痛。当肾脏出现疼痛时，通常是短期内肾脏被膜受到牵张所致，而肾囊肿即便在数月或数年间逐渐变大，肾脏也不会产生明显感觉。多数肾囊肿均为长期稳定或进展缓慢的疾病，因而通常不会引起患者腰疼等明显症状。
但部分患者存在极为少见情况，若肾囊肿内发生出血或感染时，囊肿可能会在短期内出现快速增长、增大现象，此时可引起腰疼等不适症状。综上所述，多数囊肿不会引起疼痛、出血或感染，而仅在极少见或偶然情况下才会让患者感觉到明显腰疼。
