气管镜检查很少出现远期并发症，但气管镜属于创伤性检查，在操作过程中可能存在一定并发症和意外情况，具体如下：
1、操作过程中需要使用麻醉药物，故有可能出现麻醉反应和药物过敏，严重者可能会出现休克，以及心跳、呼吸骤停等；
2、检查过程中需要活检，有可能会引起组织出血，严重大出血甚至可能会出现窒息，包括心脑血管意外，以及心跳、呼吸骤停、脑出血等；
3、在操作过程中可能使原发感染部位感染病灶播散，出现新感染病灶，引起周围组织损伤，甚至气胸等。
上述意外都有可能发生，但发生可能性相对较小，术中会常规进行心率、血压、呼吸频率、血氧监测、常规吸氧，支气管镜室也配备了气管插管和抢救药品、设备。
