腹部磁共振可以对肝脏进行检查，比如肝血管瘤、肝硬化、肝癌以及遗传性肝病等，都可以检查出来，同时最常用的对于磁共振对腹部检查，比如MRCP，主要对胆道系统进行检查，如胆道系统内有无结石、壶腹癌、胆管癌、胰腺癌，都可以作为腹部磁共振进行检查。

腹部磁共振主要是对胆道和胆管，还可以检查腹腔内胆囊，判定胆囊结石、胆囊癌，胆囊的炎症等相对优势，除了肝、胆、胰系统外，还可以对泌尿系统，如肾、肾上腺，以及肾癌、输尿管癌、输尿管结石都可以检查。对于腹腔，尤其对于孕妇的妇科疾病，也可以用磁共振进行检查。