激光处理结石的方式主要是通过内镜下进行治疗。对于泌尿系统，结石可以分为上尿路结石和下尿路结石，上尿路结石包括肾结石和输尿管结石，下尿路结石主要是膀胱结石和尿道结石。其治疗方法是根据结石的大小、质地、部位以及合并问题进行处理。
绝大多数需要手术治疗，其中激光的碎石取石是目前治疗一个重要的方向。治疗的具体操作是通过精皮肾镜、输尿管硬镜或者输尿管软镜、膀胱镜等方式，到达结石部位以后，激光光纤深入，将结石进行粉末化的处理，较大的结石碎块可以直接取出，较小的结石碎块自行排出。一般对于上尿路结石，还要留置双截管促进结石的排出，然后在门诊拔出双截管。
目前内镜下进行激光的碎石取石治疗，是结石治疗的主流，其他的方法还包括应用气压弹道、EMS等手段来进行治疗。目前开放的手术治疗和腹腔镜手术治疗不是治疗的主流。
