引起打喷嚏，流清水样鼻涕的疾病最常见的是上呼吸道感染和变应性鼻炎，具体如下：

1、上呼吸道感染：打喷嚏、鼻子流清水通常是由于上呼吸道感染引起，上呼吸道感染中的一个类型是感冒，感冒最常见的症状就是打喷嚏、流鼻涕，而鼻涕是清涕；

2、变应性鼻炎：打喷嚏、流清水样鼻涕在过敏性鼻炎中也非常常见，过敏性鼻炎也叫变应性鼻炎，主要症状就是打喷嚏、流清水样鼻涕，还会伴有鼻痒、鼻堵这样的症状，但是症状不都是同时出现，可以是单一的症状出现，也可以是组合的症状出现。这种打喷嚏、流鼻涕通常会被外界诱发因素所诱发，例如吸入冷空气、闻异味等，而且打喷嚏、流鼻涕可以自行停止，在遇到诱发因素的时候又可以再次发作，这样的特点的打喷嚏、流清水样鼻涕符合变应性鼻炎的特征。