心房纤颤的治疗应尽量寻找引起房颤的基本病因并加以治疗，如纠正心脏瓣膜病变、纠正低血压、改善心功能、缓解心肌缺血、控制甲亢等；消除易患因素，如甲状腺功能亢进、高血压等，转复和维持窦性正常心律；预防心房纤颤的复发；控制心室率；预防栓塞并发症，减少病残率，提高患者生活质量，延长生命。
房颤病因治疗至关重要，积极治疗原发性心脏病才容易使房颤转复为窦性心律，并使之转复后长期维持正常的心率。即使不能治愈病因，能解除血流动力学异常也很重要。在冠心病、高血压、心肌缺血等情况下，如改善心肌缺血，纠正心力衰竭，血压控制良好，房颤转复的机会增大，并能长时间维持正常的窦性心律。风湿性心脏病二尖瓣狭窄并房颤的患者实施外科手术去除病因后，许多患者能在复律后长期维持正常的窦性心律。
药物治疗包括药物复律、控制心室率、预防房颤的复发。已经不适合药物转复或药物及电复律转复失败的老年患者，治疗目的是控制心室率。控制心室率的药物包括地高辛、β受体阻滞剂、钙通道阻滞剂以及非药物治疗等。预防房颤复发及复发后窦性心律的维持，应根据临床原则维持药物抗凝治疗。
非药物治疗包括同步直流电复律、射频消融、冷冻消融治疗、左心耳结扎或封堵或切除、起搏治疗等。