SCN2A基因突变，目前并没有办法治愈，但是临床上可以针对患者的临床表型，进行干预治疗。SCN2A基因突变主要和癫痫有关，包括良性儿童家族性的癫痫病，以及癫痫脑病，如婴儿痉挛症等。主要影响人体钠通道的功能，可以使用钠通道相关的药物进行治疗，包括苯妥英钠、卡马西平、拉莫三嗪、唑尼沙胺等。
对于癫痫患者，尤其从儿童期开始，比较提倡的治疗方法是生酮饮食。生酮饮食是低碳水化合物饮食的一种，即要少摄入碳水化合物的物质，如大米、小麦、面包类的制品，以及红薯等，同时适当增加非淀粉性的青菜、蔬菜的摄入，如包菜。适当增加脂肪类和蛋白质的摄入，如肉类、禽蛋类的物质。
