由于血前列腺屏障的存在，并非所有的抗生素能进入到前列腺组织内，达到有效的治疗浓度。所以对于前列腺的抗生素选择，通常是要求其为脂溶性，能够透过前列腺包膜、血清蛋白结合少、抗菌谱广、弱碱性。但是急性、慢性前列腺炎的抗生素选择有所差异，具体如下：

1、急性前列腺炎：可以应用几乎所有的抗生素，尽管有些非脂溶性的抗生素需要静脉点滴，但研究发现其在前列腺组织内也能达到有效的药物浓度。此时考虑可能是在急性炎症时，这种血前列腺屏障被打破，所以药物能够进入。因此一般是静点加口服抗生素，处理急性前列腺炎；

2、慢性前列腺炎：一般是要求脂溶性抗生素，首先是磺胺类的药物，其被认为在前列腺组织内药物浓度比较高，但是由于抗菌谱比较窄、副作用比较大，所以目前在临床上并不太常用。临床上推荐的一线用药是喹诺酮类抗生素，其能够进入到前列腺组织内，而且抗菌谱也比较广，所以成为前列腺炎治疗的一线用药。还有像阿奇霉素、多西环素类药物，也可以进入到前列腺组织里进行应用。目前研究也显示，新一代的大环内酯类抗生素在前列腺中的浓度要比新一代的喹诺酮类抗生素浓度还要高，这可能为前列腺炎的抗生素选择带来新的方向。