妈咪爱相对较安全，在其说明书中提到，在推荐剂量下服用，一般没有见到明显的副作用。但是会罕见地见到一些副作用，就是腹泻次数可能会增加，但是通常停药以后可以恢复。
妈咪爱本身是OTC乙类的药物，所谓的OTC就是指非处方药，就是不需要经过医生处方，可以自行在药店购买的药物。其中OTC乙类又是OTC中较安全的一类药物，除了可以在药店购买，还可以在宾馆、超市等进行销售、购买。
所以妈咪爱作为枯草杆菌二联活菌的制剂，相对比较安全，主要是用作调节人体肠道的菌群。虽然妈咪爱相对较安全，但要注意如果是过敏体质的患者，尤其是对妈咪爱中的成分，包括辅料成分过敏的患者，要禁忌服用，以免发生过敏反应的副作用。
此外，在服用妈咪爱的过程中，也要关注和其他药物之间有可能产生相互的不良作用。比如妈咪爱作为活菌制剂，如果是和抗菌药物联合使用，可能会减弱疗效，所以应该分开服用。
