男性小便发黄的原因，常见有以下几种：

一、生理性原因：

由于饮水量过少而导致的生理性尿液过度发黄，其原因是进水量过少，排出量逐步减少，导致尿液过度浓缩，自然排便后，会出现深黄色的尿液。如果没有特别症状，通过多饮水、多排尿，以增加体液循环，尿液颜色自然可以逐步清亮。

二、病理性原因：

1、泌尿系统感染：如出现明显的尿频、尿急、尿痛，甚至是血尿，需怀疑是否存在泌尿系统感染。患者可以到医院进行B超检查，以及尿常规，如果提示尿中存在明显白细胞，泌尿系感染的诊断即可成立，通过应用广谱抗生素进行治疗，大部分患者可以治愈。

2、其他原因：包括泌尿系统肿瘤，或泌尿系统结石等，患者会出现单侧腰部的剧烈疼痛，或无痛性肉眼血尿，颜色多数呈洗肉水样，可以通过做B超或CT等检查，明确诊断后进行对应治疗。