前列腺穿刺活检并不是很痛苦，一般经直肠前列腺穿刺活检是在不用麻醉的情况下进行操作。如果是经会阴部前列腺穿刺活检，可能就需要在麻醉下进行，比如给予静脉麻醉甚至全麻减少痛苦，因为通过皮肤穿刺前列腺，痛感比较明显。
直肠对于锐性穿刺可能不会产生明显的疼痛，所以可以采用经直肠前列腺穿刺活检，不需要麻醉，患者也不会感到很明显的痛苦。前列腺穿刺活检主要就是要预防感染，比如穿刺前要进行消毒处理，尽量减少经直肠操作对于前列腺或者尿道的感染。
经直肠前列腺穿刺一般没有很明显的疼痛感觉，主要是预防感染，比如穿刺前后都要使用抗生素预防感染，穿刺中也要有足够的消毒措施避免穿刺对前列腺和尿道的污染，严重的可能会引起高热、排尿困难等。
前列腺穿刺的男性多半都是老年人，如果一旦出现感染，会有比较严重的并发症，严格的消毒措施可以极大程度减少感染发生。
