对于肛乳头瘤如果不进行手术，症状可以缓解但较难自行消退。肛乳头瘤为实质性肿瘤，可能会导致出血或存在恶变可能。肛乳头瘤大多为良性，但如果反复受大便刺激，未缓解炎症状态仍有恶变可能。良性肛乳头瘤也易造成局部出血甚至感染，形成肛裂、肛漏等肛周疾病，所以出现肛乳头瘤应积极治疗或手术切除。

肛乳头主要作用为分泌黏液、保持肛周湿润以及排便润滑，为正常直肠、肛管特殊解剖结构。由于肛乳头的特殊位置，易造成大便在此存储并损伤肛乳头，尤其长期腹泻或便秘易造成损伤。出现肛乳头损伤时，反复炎症刺激可导致肛乳头瘤。