小细胞低色素贫血多数为缺铁性贫血。缺铁性贫血的病因是缺少血清铁，不能利用血清铁，此时小细胞低色素贫血的患者需要补铁治疗，可口服铁剂，若不能吸收，可用肌注或者静脉输注补充。若机体没有吸收障碍，可摄入动物的血制品。必要时甚至可以输血，因为陈旧红细胞代谢后，其中的铁可以再利用，输血时也能将铁输入。
地中海贫血也属于小细胞低色素性贫血，是一种遗传病，无法采取上述同种方式治疗，但可进行输血替代。此外，脾过大以后，可将脾切除，但通常不主张这种治疗，因为无法明确解决问题。在不缺铁的情况下，如果是其它因素造成贫血，必要时也可进行骨髓移植。综上所述，针对不同病因，需使用不同方法治疗，所以小细胞低色素贫血，要先区分清病因，再针对性治疗。
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