男性两侧肚子疼的原因主要有以下几种：
1、输尿管结石、尿道炎症、急性肾盂肾炎等引发的疼痛，都会造成肚子两侧疼痛。进行相应的体检或超声检查，判断是否有尿道出血、炎症等，有助于排查上述疾病；

2、如果是转身、坐起、站下等体位发生改变时，出现肚子两侧疼痛，多为腰椎性疾病。由于腰椎神经涉及两侧腰骶部，如果出现腰肌劳损、腰椎问题，活动时就会出现肚子两侧疼痛，应针对腰椎进行锻炼与治疗；

3、后腹膜肿瘤或者炎症也会引起两侧肚子疼，但这种情况比较少见。