盐酸胺碘酮为抗心律失常药，不良反应较多，在医生指导下用药应及时复诊，监测用药情况。常见不良反应有：
1、心脏不良反应，主要为窦性心动过缓、窦房阻滞、房室传导阻滞，阿托品不能对抗此反应，用药期间需关注是否可能发生低血钾，与排钾利尿药合用可增加低血钾所致的心律失常；
2、甲状腺异常，甲状腺功能亢进发病率约为2%，可发生在用药期间或停药后。甲状腺功能低下发生率1%-4%，老年人常见，一般停药可逆；
3、胃肠道反应：包括恶心、呕吐、味觉异常、腹痛和便秘等，随着给药剂量下调而消失；
4、眼部反应：服药3个月以后，患者在角膜中基底层下1/3有黄棕色色素沉着，与疗程及剂量有关。在停药后通常完全可逆；
5、皮肤异常反应，光敏性与疗程及剂量有关。皮肤石板蓝样色素沉着，停药后需经较长时间1-2年才减退。其它过敏性皮疹停药后消退较快；
6、肝脏损害，肝炎或脂肪浸润，氨基转移酶增高与疗程及剂量有关，急性肝脏功能异常需要停止胺碘酮治疗；
7、肺部损害，多发生在长期大量服药者，一日0.8-1.2g，主要产生过敏性肺炎、肺间质或肺泡纤维化肺炎、小支气管腔闭合，严重者可致死，出现肺部损害需停药，并用肾上腺皮质激素及抗肺纤维化治疗。