女性小便时尿道刺痛，可能是以下原因引起：

1、尿道炎：女性小便时尿道刺痛最常见于尿道炎，女性发生尿道炎时会出现尿道致病微生物刺激尿道黏膜，导致尿道黏膜水肿、糜烂，会引起排尿时尿道刺痛症状。女性出现上述症状时常伴有尿道外口少许分泌物，部分女性还会出现尿道口发痒症状，在做体检时还会发现尿道口发红现象；

2、滴虫感染：女性发生滴虫感染时也会出现尿道刺痛和尿道外口红肿现象，并会有少许分泌物。

女性发生尿道刺痛症状时需及时到泌尿外科就医，通过分泌物检查，常能找到致病微生物。通过选择有效的抗生素，如磷霉素氨丁三醇散、甲硝唑片、左氧氟沙星片、盐酸多西环素胶囊等药物序贯治疗4-6周左右，多数女性尿道刺痛症状会明显好转。