对于真菌感染性肺炎，根据不同的真菌，其治疗效果不同。真菌有酵母菌类，包括念珠菌、眼球菌；另外还有霉菌类，包括有曲霉菌。其实在临床中相对比较凶险的是念珠菌血症引起的肺部感染以及侵袭性曲霉菌感染。念珠菌血症可能是发生于比较重的患者，患者可能会有各种导管的植入，这样的患者病情就比较重。
侵袭性曲霉菌感染的患者，往往免疫功能较差。这两种感染的死亡率都相对比较高，但不是完全不能够治愈。治疗主要是在积极抗感染的同时纠正全身的通常情况。因为这样的感染还会有其它的基础疾病。在积极抗感染的同时纠正全身疾病，大部分患者的预后比较好，可以治愈，但是治疗的周期比较长。
