胆源性胰腺炎要与腹腔内急腹症相鉴别，早期或水肿性胰腺炎，要与消化性溃疡，如胃溃疡、十二指肠溃疡，急性胆道疾病，如胆囊结石伴急性胆囊炎或胆管炎，单纯胆总管结石，肠梗阻，急性阑尾炎相鉴别。胆源性胰腺炎，有胆道结石病史，重型胰腺炎，如出血坏死性胰腺炎，需与胃十二指肠、溃疡穿孔相鉴别，与绞窄性肠梗阻相鉴别。胃十二指肠消化溃疡、穿孔患者有消化性病史，比如反酸、嗳气，而绞窄性肠梗阻患者，多为年老体弱者，且部分患有肠道肿瘤。此外，还与肠系膜血管栓塞相鉴别，肠系膜血管栓塞压痛及腹部体征轻，但腹痛症状重。还应与心肌梗塞相鉴别，部分肥胖老年人患者有时出现心肌梗死，也可出现胰腺炎的剧烈腹痛表现，这时要通过特殊检查相鉴别，如CT、B超，心肌酶谱等，如果特殊检查仍不能鉴别应给予剖腹探查。

胆源性胰腺炎可同非胆源性胰腺炎相鉴别。二者治疗方式基本相同，即前期给予保守治疗，因此胆源性胰腺炎和非胆源性胰腺炎并非鉴别重点。如果胆源性胰腺炎由胆总管结石引起，需手术取出胆总管结石，以解除胆道梗阻。