小便色深、味重，在病理情况下，比较常见的原因是膀胱炎或者尿潴留。对于膀胱炎，最主要的是抗生素治疗，可以经验性应用喹诺酮类或者头孢类的抗生素。如果进行尿培养，可以根据药敏试验结果，选择合理的抗生素进行处理。如果患者有明显的尿路刺激征状，可以应用黄酮哌酯类药物，对症进行处理。如果是发生在尿潴留当中，尿潴留的病因非常复杂，根据病因不同，采用不同的治疗手段。最常见的是前列腺增生，通常治疗用5α-还原酶抑制剂、α受体阻滞剂进行治疗。如果药物治疗效果不佳，还可以考虑行手术治疗。引起尿潴留的另一个病因，比较常见的是神经源性膀胱，目前没有太好的治疗办法，主要方法是清洁自家导尿，有的时候需要长期留置尿管。
在生理情况下，小便出现色深、味重，泌尿系统器官没有器质性病变，通常与饮水量过少、尿液浓缩有关，增加饮水量以后症状会缓解。
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