如果出现反复头疼、发热，不一定是脑炎，先要看除了大脑以外其它地方没有发现感染。如果排除了其它系统的感染，在脑炎不能除外的情况下，应该进行腰穿看脑脊液里的白细胞情况。如果脑脊液中出现白细胞的升高，还有脑脊液的糖降低或者蛋白升高，这种情况就提示中枢神经系统感染。

除了腰穿检查，还可以进行脑的核磁或者CT增强扫描。如果患者伴有头疼、发热的症状，同时还有脑膜强化的表现，从很大的概率上还是提示中枢神经系统感染的可能。因为发热时在体温升高到一定的情况下可以影响头的疼痛敏感结构，同时发热之后血流速度快、血管扩张也会有轻微的头痛。这种情况下还是要首先考虑是不是有外周的感染，其次再考虑有没有中枢神经系统的感染。