脑功能成像更多的是科研价值，但是在临床上也有应用的意义。广义上的脑功能成像，是指通过磁共振这种无创的技术，检查脑功能某个角度发生了哪些改变，从而帮助去诊断疾病，以及了解疾病的性质。

以弥散成像为例，弥散成像就是通过检测脑组织中水分的活动，区别血管炎性的水肿，或者是细胞毒性的水肿，从而确定是否存在脑梗死急性期的表现，以及鉴别其他的一些疾病，比如血管炎。张量成像就可以通过一些方法，描绘出脑白质区域的变化，这样就可以为手术切除肿瘤等提供一个依据，从而减少这种手术的并发性的损害。有时候也可以来研究证实白质纤维的一些疾病，比如脑小血管病等。

还有一些成像，比如PWI就是灌注成像，可以通过检测灌注的方法，或者通过无创不打针的ASL技术，进行检测脑部的血流的灌注的水平，了解脑部血流灌注的水平，可以评估是否容易发生脑梗，或者发生脑梗的位置，或者是这些代谢的区域，代表的是肿瘤，还是脑梗等不同的疾病。当然还有一些其他技术，比如磁敏感成像，磁敏感成像就可以通过一些方法，发现某些部位的微量的出血，或者是区别钙化等。