亚临床甲减是由于甲状腺激素合成或释放有障碍，甲状腺激素减少必然对促甲状腺激素反馈抑制，引起促甲状腺激素升高。升高的促甲状腺激素会刺激甲状腺肿大、增生和代偿性甲状腺激素释放增加，使血中甲状腺激素恢复正常，但这是在高促甲状腺激素水平下维持的甲状腺激素正常。
对于非孕期的患者是否用药，要看血中甲状腺的指标，看促甲状腺激素水平是否超过10mIU/L，一般认为促甲状腺激素小于10mIU/L，则无需药物治疗，由于本病易转化为临床甲减，并且对患者的健康状态具有不利影响，而甲状腺激素又可以影响人的脂类代谢、心脏功能以及精神神经症状，建议每半年需要复查甲功，以便及时治疗；当促甲状腺激素超过10mIU/L，则需要口服药物治疗，因为促甲状腺激素升高与血脂的代谢有关，而脂类代谢异常又将对心血管系统造成不可逆损害，用药期间需要定期监测甲功并调整药量，直到促甲状腺激素正常。
妊娠期患者有其特定的孕期指标，一旦出现亚临床甲状腺功能减退症，应积极用药，将指标控制在标准范围内。