阴茎内部隐痛大致有以下几种情况：

1、阴茎海绵体炎症：阴茎海绵体的炎症会出现海绵体疼痛，如压痛等。阴茎海绵体部分慢性疾病，也会引起疼痛，如阴茎海绵体硬结症，其有时会在勃起状态下，疼得较严重，平时没有明显疼痛，偶尔稍有隐痛。可以摸到阴茎海绵体有硬的结节，有时发展以后会引起阴茎弯曲或勃起功能障碍，是较麻烦的疾病，目前没有较好的治疗方法；

2、前列腺炎或者尿路炎症：其与前列腺炎或者尿路炎症有一定的关系，会放射到阴茎根部隐隐作痛，可以通过热水坐浴的方式，促进血液循环，减轻局部炎症。也可以做提肛运动，可以锻炼盆底肌肉，减轻尿路刺激症状，隐痛症状也会减轻。通过做运动，如跑步等，都对减轻局部炎症，促进血液循环有帮助。