羊水穿刺的准确率比较高约为99%。由于羊水穿刺是从羊水中分离胎儿的细胞进行培养，或进行芯片检查，培养部分可分析胎儿核型，观察数目有无异常、有无结构异常，而芯片可检查出微缺失、微重复，所以羊水穿刺是目前公认准确率较高的一种方法。
此外，穿刺及培养是否成功，与所在医院技术水平有关，因羊水穿刺是比较容易掌握的技术，如果技术水平已达到羊水穿刺，则失败率较少。从培养角度而言即实验室进行细胞培养时，特殊情况下由于母血污染等，可导致培养失败，但多数情况下可培养成功。通常进行羊水穿刺时存在一定指征，如既往生育的胎儿异常，或者年龄＞35岁、出现胎儿畸形时，需要进行羊水穿刺。
