患者进行左心耳封堵术后，半年内需要服用抗凝药物，但半年后是否需要服用应根据左心耳封堵术是否完好而定，即进行左心耳封堵术后是否完全实现内皮化即被心脏内皮覆盖。若封堵位置良好，无残余瘘且内皮化较为完全时，可停止服用抗凝药物，因左心耳封堵术主要目的为代替目前所用口服抗凝剂。因口服抗凝剂需常服药，患者较为不便，而左心耳封堵术可一次性解决问题，半年后若封堵较为完全可停药。
但左心耳封堵术是否能够取代药物治疗，目前较多试验正在进行仍没有完全定论，但逐渐增多的证据支持左心耳预防卒中方面效果。临床部分患者选择进行左心耳封堵手术，主要因禁忌服用抗凝药，如肾功不全、肝脏疾病、消化道疾病患者，以及不便口服药物如自我管理能力、认知能力不佳老年患者，有时可能会同时进行左心耳封堵术与射频消融手术，以便缓解病情。
