高密度脂蛋白胆固醇偏低可能有多种原因，高密度脂蛋白胆固醇是参加体内胆固醇逆转运重要的成分，让组织中包括血管壁里面的胆固醇，通过高密度脂蛋白运回到肝脏被代谢，这是好的脂蛋白胆固醇，对血管有保护作用。

很多人出现高密度脂蛋白胆固醇偏低和遗传有关，有很大的个体差异。有些人先天高密度脂蛋白胆固醇偏低，高密度脂蛋白胆固醇偏低还可能是某些疾病的影响。

如糖尿病患者血糖高会出现甘油三酯增高，低密度脂蛋白胆固醇轻度增高，而高密度脂蛋白胆固醇偏低。有些人生活方式不健康，过度饮酒或吃太多油腻、高糖食物，又缺乏体力活动、不愿锻炼，过度肥胖可能造成高密度脂蛋白胆固醇偏低。

高密度脂蛋白胆固醇偏低和心脑血管疾病的风险增加密切相关，目前临床还没有直接证据，通过增高高密度脂蛋白胆固醇产生心脑血管的获益。

临床更关注的是低密度脂蛋白胆固醇，通过健康的生活方式，及安全有效的调脂治疗，有助于降低低密度脂蛋白，也间接提高高密度脂蛋白胆固醇。