梗阻性肥厚型心肌病是青少年和运动员猝死的主要原因，且可以引起心力衰竭，需及时处理，治疗分为药物治疗和非药物治疗两个方面。

药物治疗，最常见的一线药物为β受体阻滞剂，如倍他乐克、比索洛尔、普萘洛尔等药物。此外，还有非二氢吡啶类钙离子拮抗剂包括地尔硫卓、维拉帕米等药物，均具有弛缓肥厚心肌病、减轻梗阻、减少猝死发生的作用。

由于β受体阻滞剂和非二氢吡啶类钙离子拮抗剂均可减慢心率、降低心肌收缩力、降低血压，所以这两种药通常不会同时应用，但是临床医生会根据具体患者的情况，有时可合用。

双异丙吡胺可以起到控制肥厚型心肌病的作用，但副作用较多。如果患者已经发生心力衰竭，需针对心力衰竭进行药物治疗。发生心律失常，如心房颤动，需给予针对心房颤动的药物治疗。

非药物治疗最多见的是手术治疗和介入治疗。其中介入治疗是近几年发展得非常快的手段，可将肥厚部分心肌供血血管堵住，人为造成局部心肌梗死，使此部分心肌坏死掉，心肌会变薄，梗阻变轻。外科手术治疗思路相同，将肥厚梗阻的部分心肌切掉一部分可以减轻梗阻和肥厚。