无痛肠镜检查对身体损伤总体来说可控，绝大多数情况下比较安全，不用担心无痛肠镜对身体是否有严重影响。无痛肠镜的危害一方面是需要静脉全麻，另一方面是肠镜检查可能对肠道造成机械性损害，比如擦伤。另外可能造成肠道穿孔，即急腹症状态，肠道内容物会从肠道泄漏到腹腔内，引起严重不适，出现剧烈腹痛，需要处理穿孔。
目前处理穿孔是在肠镜下对穿孔进行修补，即用钛夹把肠道穿孔夹闭。另外是剖腹手术，现在可以采用腹腔镜下对穿孔部位进行修补，是对肠镜引起的严重并发症的处理方式。肠镜检查过程中可能需要对发现的肿物进行手术处理，可能在接触肿物时造成出血，有急性出血或者继发性出血，需要相应的处理措施。无痛肠镜需要通过麻醉进行，静脉全麻绝大多数安全，可能个别病人对麻醉药不耐受，产生严重不良反应，但是极少见，绝大多数情况下比较安全。
