无痛胃镜的禁忌症分为2种，一种是不能做胃镜，一种是不能做无痛。胃镜没有绝对的禁忌症，但比如急性心梗，即心梗的急性期、脑血管病的急性期，考虑做胃镜的风险远远大于获益时，不能做胃镜。而麻醉的禁忌症为不能够耐受麻醉，则建议不做无痛胃镜检查，比如有严重的心脑血管疾病，目前正处在上呼吸道感染急性期，咽部分泌物较多，此时进行麻醉，有可能引起窒息等严重的呼吸问题，严重的睡眠呼吸暂停综合征的人也不建议做无痛胃镜。
做无痛胃镜，即静脉麻醉下做胃镜检查，药物对呼吸、心脏有一定的抑制作用，有相对危险的人也不建议做无痛胃镜检查，比如存在消化道急性穿孔等，均为胃镜的禁忌症，不能做胃镜的人也就无法做无痛胃镜检查。
