胃肠造影和胃镜并不冲突，必要时可能需要同时进行两种检查。胃镜仍然为目前检查胃部疾患不可替代的一种工具，更能清晰显示胃部微小病变，根据镜下观察可以进行病理组织检查，以明确诊断。目前胃肠造影通过助影剂在B超下观察胃部情况，对小的病变具有一定局限性。但对于胃癌等疾病可以观察病变，同时可以观察周围是否存在淋巴结转移，具有一定优势。
同时胃超声造影为无创操作，所以易被大部分患者所接受。但胃超声造影有一定局限性，比如发现病变无法及时进行活检，还需通过胃镜完善检查。但是胃超声造影也有优势，适用于无法耐受胃镜或胃部疾患，且需要复查的病人。胃肠造影和胃镜可以同时进行，相辅相成，应用于胃部疾患的检查中更有益处。
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