胃镜既可经过鼻腔检查，也可通过口腔检查，多数儿童采用经口腔行胃镜检查。经过鼻腔做胃镜主要为鼻胃镜镜身较细，通过鼻腔进入可以减少对咽喉部刺激，减少恶心反射。
儿童多数经口腔做胃镜检查，胃镜从口腔进入，经过咽喉部进入食道。然后进入胃内行胃腔检查，以及活检检查。部分情况下可使用鼻胃镜，经口腔做胃镜检查。对于特殊儿童，如儿童张口受限，正常直径的胃镜无法进入时可选用鼻胃镜。少数患者如有腐蚀性食管炎，吞食强酸、强碱后造成食管狭窄，或者食道闭锁术后食道狭窄。正常胃镜无法进入，会用鼻胃镜经口检查，可以通过狭窄部位。
总之，在麻醉状况下无痛胃镜检查时，恶心反射并不明显，多数患儿可以耐受经口做胃镜检查。
