多数肾结石患者并没有特别明显的症状，多通过体检发现。因为本身肾脏空间比较大，结石通常并不会造成梗阻、积水，不会造成肾脏明显疼痛的感觉。如果结石掉落到输尿管，产生梗阻导致肾积水，患者可出现比较明显的肾绞痛症状。而当患者肾结石较多、较大时，则可能会产生积水，造成腰痛不适的症状，但多数并不是非常剧烈，可能是隐痛不适的症状。
另外，当患者进行剧烈活动，如长距离的跑步之后，同样可出现血尿。因为结石在运动过程中，可能与肾盂、肾盏产生摩擦，从而可以导致出血。而部分患者可出现感染相关的症状，因为结石比较容易引发泌尿系感染，可引发肾盂肾炎的表现，比如发热、腰痛等。
