生化妊娠是早期流产，多数原因与胚胎自身发育异常，如胚胎染色体异常相关，属于自然界的优胜劣汰。有时也与父母双方染色体异常，以及妈妈的特异疾病相关，如抗磷脂综合征等，需要作出鉴别和处理。若只发生1次生化妊娠通常不需要查找原因，属于自然界的优胜劣汰，若连续2次以上发生生化妊娠，应查找原因给予处理。
临床需要检查父母双方染色体，看是否存在染色体异常，但是多数情况下不会出现染色体异常。若发现染色体异常，建议在下次妊娠时行三代试管婴儿，挑选染色体合格、基因合格的胚胎再移植，可以改善妊娠结局。也应检查妈妈的相关抗体，排除抗磷脂综合征。如果相关抗体阳性，如心磷脂抗体、β2糖蛋白1、狼疮抗凝物阳性，此时可诊断为抗磷脂综合征，在下次妊娠时应给予抗凝治疗，可改善预后。
