先天性低血糖比较少见，往往和激素缺乏、先天代谢性疾病有关，例如生长激素缺乏、垂体功能低下、遗传性果糖不耐受症、半乳糖血症、糖原贮积病等。这些疾病是由于体内缺乏糖代谢相关的酶类造成的，患者可以表现为低血糖、呕吐、腹泻、低血压、肝脾肿大等，而这些疾病需要到医院进行详细的检查才能够确定。

而新生儿低血糖指出生24小时内，血糖低于2.2mmol/L，出生24小时以后血糖低于2.8mmol/L的情况，常见于早产儿、低体重儿、新生儿窒息等等，主要与孩子体内糖原储备不足有关。还有一种情况是母亲患有糖尿病，因为母亲的血糖高，所以胎儿的血糖也会升高。由于长期高血糖的刺激，胎儿的胰岛组织会分泌较多的胰岛素，以维持自身血糖的稳定，等到孩子出生以后，由于母体对孩子的营养供应突然中断，体内葡萄糖不足，胰岛素又没有相应下降，就有可能会出现新生儿低血糖症。如果发现这种情况，要及时给予静脉补充葡萄糖，避免严重低血糖给孩子带来的不可逆的损伤。随着孩子成长，自身胰岛素分泌会逐渐下降，低血糖症也可以恢复。