在板蓝根颗粒药品说明书中指出，孕妇需在医师指导下服用。板蓝根药物毒性研究较少，有研究发现用板蓝根煎剂给小鼠灌服，小鼠骨髓细胞的染色体畸变数明显增加，提示板蓝根具有一定的遗传毒性。另外，有文献报道板蓝根是一种具有致突变作用的中草药，因此并不推荐孕妇使用板蓝根。
板蓝根具有清热解毒、凉血利咽的作用，主要用于咽喉肿痛、口咽干燥、急性扁桃体炎。现代药理学研究表明板蓝根具有抗病毒、抗内毒素、解热、抗炎等作用，板蓝根制剂，如颗粒剂、糖浆剂是OTC非处方药。虽然板蓝根口服制剂安全性较好，但仍有引起不良反应的报道，例如偶尔可引起消化系统症状，如恶心、呕吐、食欲不振等，个别患者可引起溶血反应、肝损伤等。另外，并不是所有类型的感冒都适合服用板蓝根，体虚而无实火热毒者禁服板蓝根，脾胃虚寒者也要慎用。在服用板蓝根前先要区分感冒的类型，如果得的是风寒型感冒，则不宜选用板蓝根。
