尿尿阴茎疼的原因如下：
1、淋球菌性尿道炎：尿尿阴茎疼最常见于淋球菌性尿道炎，俗称淋病，淋菌性尿道炎病人由于感染性致病菌刺激尿道黏膜，会导致黏膜水肿糜烂，还会导致黏膜出现水泡、脓疱，破裂后会形成溃疡面。病人在排尿时，会出现尿道刺痛和尿道疼痛症状，还会出现尿道口脓性分泌物；
2、后尿道结石：病人出现后尿道结石时，结石经常导致尿道膜部，或尿道球部崁顿，容易引起尿痛症状。通常在排尿时阴茎疼痛明显，多数病人还会伴有血尿症状；
3、阴茎硬结症：病人通常在海绵体白膜处形成硬结改变，由于局部炎症，导致白膜局部纤维化，形成局部硬结，在排尿时也会出现阴茎疼痛症状。
病人出现尿尿时阴茎疼症状时，应及时到泌尿外科，或男科就医，通过规范的检查和治疗，多数病人尿尿时阴茎疼症状会明显好转。
