月经期出现的偏头痛，属于一种特殊类型的偏头痛。具体的病因目前还不是特别清楚，推测可能与以下的因素有一定的关系。
1、激素水平紊乱：在月经来临之前或者月经来临之后，女性体内的雌激素、孕激素，这些生理性的激素出现一些周期性的波动。可能会诱发血管的痉挛和离子通道障碍，从而出现头痛。类似月经期有其他的不适，也可能是由于月经周期激素紊乱引起来。这是目前最为广为接受和最为提倡的一种月经机制的假说；
2、情绪因素：可能与情绪波动、情绪变化有一定的关系。在生理期、月经期的时候，人的情绪相对可能处在不稳定的状态，有不少的女性在经期会出现一些心烦意乱，类似于焦虑症、抑郁发作的表现。在这个时候由于情绪的波动，也会继发神经递质的调节失调，从而诱发头痛发作；
3、遗传因素：可能与基因的变异有关系，偏头痛通常可能与某些离子功能、离子通道紊乱有关。这些调控离子通道的基因如果发生变异，容易在月经期出现神经功能的紊乱，从而诱发偏头痛。
