幽门螺杆菌阳性的治疗方案主要有三联、四联疗法以及序贯疗法，这是国际通行的西药标准治疗方法，主要包含了两种抗生素以及胃黏膜保护剂和抑酸药。
一般在餐前要服用奥美拉唑或雷贝拉唑，以及枸橼酸铋钾这类药物，而餐后使用阿莫西林以及克拉霉素等抗生素进行治疗。经过14天的治疗，一般可以根除疾病。
随着耐药菌的增加，近些年来也可以使用替硝唑等其他的硝唑类以及头孢类药物，根据耐药菌的选择可以对幽门螺杆菌阳性进行根除。如果患者对青霉素过敏，还可以选用其他类药物，包括呋喃唑酮等。
此外，中药对于幽门螺杆菌感染也有一定功效，但主要作用不是根除幽门螺杆菌，而是改善内环境。
