肛瘘的治疗方法以手术治疗为主，一般而言，肛瘘主要由于肛门和直肠，通过外口和内口以及中间的窦道，形成肛瘘。如果是脓肿初期，比较新鲜的创面，可能使用药膏、药物，部分人群可以愈合，但是绝大多数情况下，用药物治疗无效，只能采用手术治疗。
手术治疗有很多种，包括普通肛瘘切开术，或者肛瘘切除术，还有比较复杂的肛瘘，可以把内口切除，或者内口切开、外口挂线。挂线方法也有很多种，可以挂实线，也可以挂浮线，针对瘘口距离远近、粗细、内径口径大小以及外口的多少等，根据具体情况要具体进行分析。总之，肛瘘治疗方法有很多，绝大部分以手术治疗为主，手术以后再配合中药洗浴、药膏、药栓治疗，这种情况下，能使肛瘘治愈率达到比较高的水平。
