治疗肠胃炎有中药和西药的消炎药，中药常用黄连素，西药常用氟哌酸(诺氟沙星胶囊)等药物。革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌感染所致，用青霉素类的阿莫西林，及头孢类或头孢标识的药物。但如何使用消炎药需要根据病情决定，较多时候患者能正常代谢，一天大便不超过3次，虽然有感染，不使用消炎药也可。

消炎药对身体肠道菌群会有破坏，医生开具药物要权衡利弊，必要时再使用，抗生素使用较多并不好。但如果高烧不退，腹泻一天10-20次，白细胞升高较高，超过12x10^9/L，甚至13x10^9/L，要根据情况选用口服或输液的消炎药治疗。如果患者能代谢，尽量还是自己代谢出，人体可以将病菌排除体内，恢复自身的健康。