在临床上，原发性高血压需要鉴别诊断的疾病主要是继发性高血压。继发性高血压同样以血压升高作为临床表现，但发病机制与原发性高血压不同。
原发性高血压机制较为复杂，与遗传、环境等多种因素有关。而继发性高血压的发生，多是在疾病基础上引发的血压波动。常见的疾病，包括内分泌疾病中的甲状腺功能亢进、原发性醛固酮增多症、嗜铬细胞瘤。
还有肾脏疾病中各种类型的慢性肾小球肾炎、慢性肾功能衰竭，也会导致血压升高。像肾动脉狭窄的肾血管疾病，以及风湿免疫系统疾病中的动脉炎或主动脉疾病，均是导致继发性高血压的常见因素。
在与原发性高血压进行鉴别时，继发性高血压的发病年龄多出现在年轻人群或者青少年。除了与继发性高血压相鉴别之外，由于原发性高血压通常出现头晕、头痛等症状，如果从症状入手进行鉴别，需要与脑血管病进行相关的鉴别诊断。
