肾囊肿伴有囊内结石，通常采用手术的方式治疗，如果囊肿体积较小，而且结石也较小，可以随访观察，暂时不用处理。如果囊肿较大，体内结石也相对较大，通常以手术的方式来完成。
手术一般进行囊肿的去顶减压手术，目前随着微创技术发展，肾囊肿手术主要是通过腹腔镜来完成。腹腔镜手术创伤小、痛苦小，术后恢复快，成为了目前肾囊肿治疗的主流。
肾囊肿去顶减压手术，主要是通过腹腔镜在腰部打孔的方式建立工作通道，进入到肾脏以后，将囊肿壁切除。此时如果囊肿内有结石存在，可以一并将结石取出。但是在临床上需要注意鉴别，究竟是囊肿内结石，还是肾盏积水合并的结石。
因为二者的治疗方法截然不同，对于肾盏内积水而造成的结石，通常可以通过经皮肾镜的方式来治疗结石。因为这一类肾盏积水，通常还有盏颈狭窄，必要时还要行盏颈的成形手术。
