低位肛瘘比较好治疗，因为涉及括约肌较少，所以大夫比较放松。可以不用太顾及括约肌的保护，低位肛瘘瘘管穿过括约肌时涉及的括约肌很少，所以对肛门的功能不会有影响。这时选择最直接、最彻底的远期疗效最好的方法是直接切开，首先要在能将瘘管探查非常清楚的前提下切、不能瞎切。一般将瘘管的内口、外口和管道都查清楚以后，用探针从瘘管里穿过去，然后沿着探针直接切开即可。这时也要切开一部分括约肌，包括外括约肌的皮下部、内括约肌的下缘等，但是这几块肌肉都不是很重要，不是能够影响肛门括约肌功能的肌肉。此部分肌肉切开对肛门功能的影响非常小、几乎没有，所以低位肛瘘选择的是直接切开。得了低位肛瘘后，可以到正规医院就诊，大夫选择手术方式。建议看能否用直接切开的方式，这是目前为止应用时间最长、临床效果最好的方法。所以肛瘘自己肯定无法治疗，要选择正规医院去进行诊断和治疗。
