对有明显症状的上颌窦囊肿，通常要采取手术切除的方式治疗。传统的上颌窦囊肿切除手术，是经唇龈沟进入，做上颌窦前壁的部分开放，在直视下切除窦内的囊肿，这种手术创伤比较大，术后病人恢复也比较慢，有的病人还会遗留长久的上列牙痛。
目前比较流行的做法是在鼻内镜的引导下，做上颌窦的窦口开放和扩大，通过扩大的上颌窦自然口，做上颌窦囊肿的切除。这种手术术后恢复比较快，创伤比较小，病人也没有明显的并发症。大约在一个月左右，病人窦口的黏膜就会基本恢复正常，也不会影响病人窦内的黏膜功能。切除的上颌窦囊肿通常不会复发，在切除了上颌窦囊肿之后，病人没有任何的不适感。因此通过鼻内镜下的上颌窦囊肿切除手术，比较安全有效，同时也是非常有利于病人早期快速恢复的一个手术方式。
