胃底部间质瘤严重。胃底部间质瘤是一种恶性肿瘤，医学上划为恶性肿瘤范畴，因此胃底部间质瘤是严重疾病。因为无论发现的早或晚，其归类于恶性肿瘤，恶性肿瘤具有复发性、转移性，所以是一种严重疾病。
医学上将胃或者小肠的胃壁和肠壁分为三层，从内到外分为黏膜层、肌肉层、浆膜层，而间质瘤是发生在中间层即肌肉层，此处的肌肉与手、腿、身体的肌肉不同，身体肌肉为横纹肌，受神经控制，可以控制其运动。
而胃肠道平滑肌是不受意识控制的肌肉，其为受食物刺激反馈引起活动的肌肉，而发生于此处的肿瘤称为间质瘤。间质瘤目前医学上统一称为胃肠道间质瘤，划为恶性肿瘤范畴。
因此，发生在胃底、胃体、小肠、结肠、食道等处的间质瘤都是恶性肿瘤，由于胃底部间质瘤是恶性肿瘤，就意味着是严重疾病。
