脑梗在急性期可以使用的药物有抗血小板聚集的药物，如阿司匹林、氯吡格雷等，也可以使用降脂稳定斑块的药物，如他汀类药物，以及对于急性期改善预后有一定效果的药物，如丁苯酞等。
脑梗的二级预防就是长期服用的药物是预防脑梗二次复发的，服用的药物和脑梗的病因有关，如果是动脉粥样硬化引起的脑梗，长期服用的药物包括抗血小板聚集的药物，还有使用他汀类药物稳定斑块，强化降脂治疗。
如果是房颤导致的脑栓塞，在二级预防的情况下，需要评估是否需要进行口服抗凝药的治疗，防止房颤、脑栓塞的发生。也有部分患者，脑梗和免疫系统引起的血管病变有关，需要针对病因进行结缔组织病的治疗。
也有部分患者脑梗可能和心脏的结构异常，比如卵圆孔未闭等有关，这些患者可能更重要的是需要针对病因，比如针对卵圆孔未闭，请心脏外科的专家进行评估，是否需要进行封堵治疗等。
