扁桃体发炎后期如果有咳嗽，需要进行分析，如果是短期偶尔咳嗽，没有给生活造成不便或引起过度不适，也不排除是好转的可能。但通常不会出现咳嗽，扁桃体炎好转以后，咽痛症状减轻，无其他不适，即预后良好表现。如果出现咳嗽要考虑是否有黏膜炎症延续，如引起下呼吸道感染，造成咳嗽或引起咽喉部黏膜分泌物刺激，引起咳嗽，具体建议就诊专科医生进行分析或辅助检查明确原因。
咳嗽比较常见的原因是咽喉部黏膜感染炎症，延续扩散，引起气管炎症，即患者早期是感冒症状，包括咽痛、发热等一系列症状，症状消失后会逐渐好转。如果出现反复咳嗽，逐渐加重伴有痰，此时可以考虑伴有下呼吸道感染，建议找呼吸科医生进一步明确，并进行药物治疗。如果咳嗽较浅，咽喉部刺激性咳嗽，观察是否有鼻涕或咽喉部黏膜、是否有炎症或痰液附着造成咳嗽。适当选用清咽润喉药物，如金莲清热颗粒、蓝芩口服液等以及常用中药的止咳药物或西药止咳药物来减缓咳嗽。
