尿道口囊肿有一部分会自己消失。尿道口或尿道周围的囊肿在病因上不是很确定，有多种可能的原因，如尿道旁反复感染所致或生产过程中产道损伤导致等。不同原因造成的尿道口囊肿，预后和最后的变化也不完全一样。部分由损伤造成的囊肿，随着组织的修复有可能缓解。

但临床中绝大多数的尿道口囊肿不会自愈，可能会一直存在或存在波动，即一段时间明显增大，过段时间又缩小。即使当时观察变小甚至消失，过一段时间可能又会变大，所以自动消失的可能性相对较小。但是尿道口囊肿不是严重疾病，没有必要过度关注或干预。