目前主要的治疗方法是改善饮食习惯、药物治疗，体外冲击波碎石、手术碎石、开放手术。少数较小的尿路结石，可选择α受体阻滞剂、清热利尿、通淋排石中草药、别嘌呤醇西药进行排石。肾结石可选择体外冲击波碎石术、经皮肾镜取石、输尿管镜取石、溶石治疗等方法。对于直径≤2cm的结石，可应用体外冲击波碎石。体外冲击波碎石创伤较小，并发症低，不需要麻醉，成为治疗肾结石的标准治疗方法。体积较大的结石，体外冲击波虽然也能碎石，但采用经皮肾镜等更快更有效的碎石。需要特别强调的是，如果在进行经皮肾镜时，肾盏内的结石都完全清除，需要做手术的术者，具有相当的专业技术和经验。输尿管结石可选择体外冲击波碎石术、经皮肾镜取石、输尿管镜取石、激光碎石、溶石等治疗方法。体外冲击波碎石的疗效与结石大小、结石被组织包裹的程度和结石成分有关，越大且致密的结石，再次治疗率较高。对直径小于1cm的上段输尿管结石，应首选体外冲击波碎石。直径小于1cm的结石，也可选择体外冲击波碎石、输尿管镜和经皮肾镜取石。对于中下段输尿管结石，可选择体外冲击波碎石、输尿管镜。膀胱结石可进行腔内治疗，比如经尿道激光碎石，大力碎石、钳碎石等治疗方法都有效。