引起肛门疼痛的病因较多且复杂，包括肛裂、痔疮等疾病，具体如下：

1、肛裂：肛裂是以疼痛为主要症状的肛肠疾病，其主要表现为肛门局部的梭型溃疡，多是陈旧性溃疡。排便时，溃疡与肛门括约肌相互刺激，导致患者出现抽搐样疼痛。典型肛裂会有周期性疼痛，排便后1-2分钟，出现更加剧烈的疼痛，多数慢性肛裂需手术治疗；

2、痔疮：静脉曲张性外痔如有血栓形成，肛门旁出现花生米大小的组织包块，会产生疼痛，部分患者出现严重疼痛，静脉曲张性外痔出现的血栓，称为血栓性外痔。此外内痔脱出伴血栓形成，也会出现严重疼痛，此时肛门出现充血水肿的团块；

3、肛门脓肿：患者出现剧烈疼痛，且持续性加重，一般第三天达到顶峰。肛门旁的硬结逐渐扩大，出现红肿热痛表现，其表面可能有波动感，严重患者伴有发烧；

4、其他：除上述常见疾病外，可能单纯以疼痛为主要表现的会阴痛或者肛门疼痛，也是导致肛门疼痛的原因，称为功能性疾病。对于此些功能性疾病，目前尚在研究过程中，如引起会阴部疼痛的功能性疾病，称为盆腔痛，其疼痛的具体机制还有待进一步研究。